Denne forrygende spillefilm starter, hvor Stargate SG-1 sluttede, og kaster Stargate holdet - Daniel Jackson (Michael Shanks), Vala (Claudio Black), Teal'c (Christopher Judge), Sam (Amanda Tapping) og Cam (Ben Browder) - ud i deres mest spændende eventyr nogensine. De tvinges ud i en desperat søgen efter et århundredegammelt våben, der kan hjælpe til med at overvinde de stærkt offensive Ori'er. Men det viser sig også at være i sidste øjeblik, for ikke alene går det op for dem, at Ori angrebet på Jorden er umiddelbart forestående, men også, at der temmelig sikkert er en dobbeltagent ombord på Odyssey!