Sieben Jahre nach den Ereignissen um Lelouch wird die japanische Halbinsel Hokkaido vom neu formierten Neo-Britannischen Reich unterworfen und durch ein mächtiges Energiefeld von der Außenwelt isoliert. Um die gefangene Prinzessin Sakura Haruyanagininomiya zu befreien und die Besatzer zu vertreiben, schließt sich Sakuya Sumeragi – die sich als geschickter Taktiker Rozé verkleidet – mit dem hochbegabten Piloten Ash Phoenix als namenlose Söldner der lokalen Widerstandsbewegung an. Mithilfe ihrer geheimnisvollen Geass-Kraft übernimmt Sakuya im Verborgenen die strategische Führung, muss sich jedoch gemeinsam mit Ash nicht nur übermächtigen gegnerischen Einheiten, sondern auch den eigenen Geheimnissen stellen.