Anfang des einundzwanzigsten Jahrhunderts: Aliens haben es auf die Erde abgesehen und drohen die Menschheit auszulöschen. Gunbuster ist eine Supermaschine, die gegen die Aliens eingesetzt werden soll. Noriko, die Tochter eines Weltraumpiloten, der bei einem Einsatz von Aliens getötet wurde, gehört zu einer Elitetruppe, die zur Verteidigung der Menschheit ins All geschickt wurde. Sind Noriko und ihre Gefährten ausreichend ausgerüstet, um in der feindlichen Umgebung einen Sieg über die Aliens zu erkämpfen und zu welchem Preis …?