Η 10χρονη Τσιχίρο και οι γονείς της κατευθύνονται προς το νέο τους σπίτι στα προάστια, όταν ο πατέρας της αποφασίζει να κόψει δρόμο μέσα από ένα ερημικό δρομάκι. Η οικογένεια χάνεται σε ένα παράξενο τούνελ, που οδηγεί σε μια έρημη πόλη-φάντασμα και όπου, μυστηριωδώς, οι γονείς της Τσιχίρο θα μεταμορφωθούν σε γουρούνια. Η μικρή θα προσπαθήσει να λύσει τα μάγια, αντιμετωπίζοντας μάγισσες, πνεύματα και κάθε λογής θαύματα, με τη βοήθεια του Χάκου, ενός παράξενου παιδιού...