Shintarō Kisaragi es un joven hikikomori y nini de 18 años de edad quien, producto de una broma de Ene —una "chica virtual", virus informático que vive en su computadora—,​ derrama refresco de soda sobre su teclado y debe salir al mundo exterior, tras dos años encerrado, para comprar uno nuevo.2 Una vez llega al centro comercial, portando a Ene en su móvil, un grupo de criminales llega y toma a Shintarō y a otras personas como rehenes. Allí conoce a Kano​ y después al resto del "Mekakushi Dan",​ un grupo de jóvenes que debido a diversas situaciones poseen cada uno distintas habilidades oculares. Después de una plática de cómo Momo, la hermana menor de Shintarō, se unió al grupo, él descubre que Ene también se ha unido y entonces es forzado a sumarse también.