어른이 된 피터팬과 그 동안 복수를 별러 온 후크 선장의 재대결이 이루어진다. 사업에 몰두하느라 여념이 없던 피터 배닝은 고아인 자신을 키워준 웬디를 10년 만에 찾아간다. 웬디에게 바치는 고아 병원의 개원식에서 연설을 하기 위해서다. 그러나 때마침 마법의 섬에서 온 후크 선장이 피터의 아이들인 잭과 매기를 납치해 사라진다. 요정 팅커벨은 자신의 옛 모습을 전혀 기억하지 못하는 피터를 마법의 섬으로 데리고 가는데...