범죄의 두려움 없이 살 수 있는 안전한 도시. 이곳에서는 소형 드론이 시민을 24시간 감시한다. 하지만 도시에서 살인 사건이 발생하고, 사건은 보안 시스템에 보고되지 않는다. 미궁에 빠진 사건, 한 시민이 홀로 조사를 시작한다. 《더 시스템》의 배경은 근미래의 도시. 이곳에서는 거의 보이지도 않을 만큼 작은 드론이 시민 한 사람, 한 사람을 24시간 따라다닌다. 드론이 수집한 데이터는 슈퍼컴퓨터에 전송되고, 인간은 이 데이터에 접근할 수 없다. 누구든 죄를 지으면 잡힐 것이 뻔하므로 범죄율은 거의 제로이고, 도시의 보안 체계인 옴니시엔트 시스템은 완전무결해 보인다. 그러나 젊은 여성 니나의 주변에서 살인 사건이 발생하고, 어쩐 일인지 사건은 시스템에 잡히지 않는데. 이제 숨겨진 진실을 밝히는 것은 오직 니나의 손에 달렸다.