Reina Aharen, mała i urocza uczennica o cichym głosie, nie potrafi określić odpowiedniego dystansu oraz przestrzeni osobistej. Czasami znajduje się o centymetry od czyjejś twarzy, a innym razem o mile za daleko! Jedyną osobą, która stara się zrozumieć jej wybryki, jest Raidou Matsuboshi, który siedzi obok niej w klasie. Ma groźną minę, ale w rzeczywistości jest miłym chłopcem z wyobraźnią, która czasami szaleje. Aharen-san wa Hakarenai śledzi losy tej osobliwej pary. Ich przyjaźń zaczyna się rozwijać, gdy Raidou podnosi gumkę Aharen. Dziewczyna błędnie interpretuje jego gest i teraz uważa, że są najlepszymi przyjaciółmi, pokazując, jak najprostsze rzeczy mogą okazać się dla nich najbardziej skomplikowanymi wyzwaniami.