W futurystycznej Japonii na ziemiach odratowanych spod ogromnego wysypiska śmieci powstała niezwykła metropolia - Sugomori City. W tych realiach żyją Noriko Sonozaki oraz Katsuhira Agata, chodzący razem do klasy jednej z lokalnych szkół. Pomimo czasu spędzanego w placówce uczniowie nie mają o sobie pojęcia, można wręcz powiedzieć, że są do siebie wrogo nastawieni. Tym bardziej zdziwiony jest Katsuhira, gdy pewnego dnia tajemnicza i apatyczna Sonozaki oznajmia mu, że został wybrany na Kiznaivera. System Kizuny, do którego podłączeni są również inni znajomi z klasy naszych bohaterów, ma stać się innowacyjnym remedium na zło tego świata, poprzez rozdzielanie przykrych doświadczeń pomiędzy Kiznaiverami. Gdy jeden z nich zostanie w jakiś sposób zraniony, system rozkłada ból na wszystkich połączonych z siecią. Fabułę anime komplikują działania Sonozaki, wystawiającej grono bohaterów na przeróżne niebezpieczeństwa.