กล่าวถึงโลกอีกโลกหนึ่ง ซึ่งเป็นโลกคู่ขนานที่เราอยู่ เป็นโลกที่สงบสุขและปราศจากสงคราม อยู่มาวันหนึ่งโลกแห่งนี้ได้ถูกโจมตีจากศัตรูที่มาจากท้องทะเล ซึ่งถูกเรียกขานว่า “กองเรือทะเลลึก” มนุษย์ได้สูญเสียเส้นทางทางทะเล และพื้นดินบางส่วนไป เพื่อที่จะต่อต้านการรุกรานครั้งนี้ มนุษย์ได้สร้างและพัฒนาอาวุธที่ถูกเรียกว่า “สาวเรือรบ” ขึ้นมาต่อกร กับ “กองเรือทะเลลึก” ได้สำเร็จ โดยกรรมวิธีการสร้างนั้น เกิดจากการดึงเอาจิตวิญญาณของเรือรบของอีกโลกหนึ่งที่จมลงไปในช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง มารวมกับร่างหญิงสาวที่เสียชีวิตไปแล้ว เกิดเป็น “สาวเรือรบ” ขึ้น ถึงแม้ว่า ความทรงจำส่วนใหญ่จะถูกลบไป แต่ก็ยังหลงเหลืออยู่บ้างไม่มากก็น้อย ทั้งนิสัยของผู้คนบนเรือรบ และนิสัยของหญิงสาวคนนั้นๆ ส่วนฝ่ายศัตรูจากกองเรือทะเลลึกนั้น บ้างก็ว่า เกิดจากการทดลองสาวเรือรบที่ผิดพลาด และถูกทิ้งลงทะเล (รวมถึงสาวเรือรบที่จมระหว่างการต่อสู้) ถูกพลังลึกลับใต้ทะเลลึก ให้มีชึวิตอีกครั้ง และกลับมาแก้แค้น บ้างก็ว่าเป็นวิญญาณของเรือจากอีกโลกหนึ่ง ที่รวมตัวกับพลังลึกลับใต้ทะเล และอยากที่จะกลับบ้าน จึงต้องรุกรานมนุษย์